對于企業的發展來說，隨著企業經濟的擴大都是會去成立許多的分公司，而按照相關的規定來說，雖然沒用采用獨立核算的公司都是需要匯總到總公司進行匯算清繳，與其他的一些公司還是存在不小的區別，因此對于分公司來說，分公司匯算清繳怎么辦理呢？一起和君林小編來了解一下。

1、分清分公司是否需就低分攤繳納企業所得稅

根據跨區域經營的企業所得稅管理辦法規定總機構和 具有主體生產經營職能的二級分支機構， 就地分攤繳納企業所得稅。其中，二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行 統一核算和管理的分支機構。

2、計算分支機構分攤比例

總公司需要按照上年度分支機構的營業收入、資產總額、職工薪酬等因素計算各個分支機構的分攤稅款比例，三種因素的權重比例為：0.35、0.30、0.35。

某分支機構分攤比例計算公司為：

某分支機構分攤比例＝（該分支機構營業收入÷各分支機構營業收入之和）×0.35+（該分支機構資產總額÷各分支機構資產總額之和）×0.30＋（該分支機構職工薪酬÷各分支機構職工薪酬之和）×0.35。

3、計算各分支機構的稅額

根據企業所得稅法規定，匯總納稅企業的企業所得稅的預繳稅款，其中的50%在分支機構中分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫，另50%由總機構分攤繳納。

4、各分支機構按期季度預繳稅款

根據繳稅期限，由總機構所在地主管稅務機關具體核定，按照上述方法就地繳納。

5、分支機構根據總機構年度匯算清繳

匯總納稅企業應當自年度終了之日起五個月內，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照57號公告規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。

以上也就是分公司匯算清繳怎么辦理的介紹了，其實總的來說，更多的操作主要還是在總公司，分公司如果沒有進行獨立核算，那么只需要將各種的數據提交給總公司即可，如果是獨立核算的分公司按照正常公司的匯算清繳流程進行清算即可。